【轄區】
本院管轄區域為嘉義縣、嘉義市、臺南市、高雄市、屏東縣、臺東縣、澎湖縣等七縣市。
行政訴訟管轄是採以原就被原則，原告提起訴訟時要到被告所在地的管轄法院提起訴訟，亦即要到各機關或公務所所在地的行政法院提起行政訴訟。
例外：
1.交通裁決事件，得由原告住所地、居所地、所在地或違規行為地之地方行政法院管轄。
2.為保障原住民權益，便利原住民接近使用法院，原告為原住民或部落，且涉及原住民或部落公法上權利的事件，原住民或部落可以在住所地的行政法院提起訴訟。
【三級二審制】與【事務管轄】
行政法院主要辦理的業務是民眾和管轄機關之間公法上的爭議，包含稅捐、土地、環保、保險、建築、考銓、勞工、教育、交通、關務等事項。
行政訴訟採三級二審制，「三級」指最高行政法院、高等行政法院及地方行政法院；「二審」指兩個審級。
民國112年8月15日高等行政法院分設「地方行政訴訟庭」與「高等行政訴訟庭」，地方行政訴訟庭相當於地方行政法院審級，高等行政訴訟庭相當於高等行政法院審級。
地方行政訴訟庭審理訴訟標的金額或價額在150萬元以下超過50萬元之通常訴訟程序事件的第一審；訴訟標的金額或價額在50萬元以下簡易訴訟程序事件、交通裁決事件、收容聲請事件及其他法律所規定之事件的第一審。高等行政訴訟庭審理訴訟標的金額或價額超過150萬元及其他事件之通常訴訟程序事件的第一審、都市計畫審查程序事件的第一審、地方行政訴訟庭第一審裁判的上訴抗告事件。最高行政法院審理高等行政訴訟庭第一審裁判的上訴抗告事件、高等行政訴訟庭受理上訴事件有確保裁判見解統一之必要，移送最高行政法院裁判之事件。